ΙΣΤΟΡΙΑ

Το κεντρικό κτήριο του Κάστρου είναι ο πυρήνας του «Λαογραφικής Συλλογής Μυκόνου».
«Κάστρο» αποκαλείται η βορεινή πλευρά του παλαιότερου τμήματος του οικισμού της Χώρας Μυκόνου, η οποία κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια, μέχρι τις μέρες μας.
Αποτελούσε την οικία του καπετάν Νικόλα Μαλούχου, προπάππου του ιδρυτή της «Λαογραφικής Συλλογής».
 Αυτό το τυπικό καπετανόσπιτο θεωρείται χαρακτηριστικό «κέλυφος ζωής» των προηγούμενων ένδοξων αιώνων της μυκονιάτικης ναυτιλίας και της παράδοσης του νησιού.
Το μουσείο έχει επτά αίθουσες.

ΑΙΘΟΥΣΑ Ι

Στην πρώτη αίθουσα μπορεί να θαυμάσει κανείς τις εξής συλλογές: ζωγραφικών πινάκων, κλειδιών και κλειδαριών, φωτιστικών σωμάτων, επίπλων και οικιακών σκευών, αντιγράφων μυκονιάτικων ενδυμασιών, κυκλαδικών καρεκλών και βενετσιάνικων σκρίνιων, μέτρων και σταθμών, επιτραπέζιων κεραμικών σκευών, νεοκυκλαδικών λιθόγλυπτων και επιγραφών, μυκονιάτικων υφαντών, λιθογραφιών και εικόνων, ταμάτων και μαρτυρικών, προϊστορικών εργαλείων και όπλων, γραμματοσήμων και νομισμάτων και, τέλος, παραδοσιακών σκουλαρικιών. Αξιοπρόσεκτο είναι και το αντίγραφο της φορεσιάς της Μυκονιάτισσας ηρωίδας Μαντώς Μαυρογένους.

ΑΙΘΟΥΣΑ ΙΙ

Η δεύτερη αίθουσα παρουσιάζει χειροτεχνήματα του δεύτερου μισού του 19^ου αιώνα, έργα ζωγραφικής από Μυκονιάτες καλλιτέχνες, προσωπογραφίες σημαντικών Μυκονιατών, γκραβούρες με ποικίλα θέματα και λιθογραφίες.
Ακόμη, εκτίθενται ποικίλα έπιπλα και λοιπά οικιακά αντικείμενα καθώς και λαϊκά μουσικά όργανα, σχολικά αντικείμενα και εγχειρίδια της σχολικής ζωής που χρησιμοποιούνταν ως τις αρχές του 20^ου αιώνα.
Αξίζει την προσοχή του επισκέπτη το αντίγραφο πολυθρόνας του Μυκονιάτη ήρωα- καπετάνιου Νικολάου Σουρμελή.

ΑΙΘΟΥΣΕΣ ΙΙΙ-IV-V-VI

III : Τυπική κρεβατοκάμαρα του 19^ου αιώνα με σιδερένιο κρεβάτι και καρυδένια ντουλάπα.
IV : Μυκονιάτικη κουζίνα πλήρως εξοπλισμένη με όλα της τα σκεύη και ποικίλα ομοιώματα χαρακτηριστικών μυκονιάτικων εδεσμάτων των Χριστουγέννων, του Πάσχα και των χοιροσφαγίων.
V :Στην πέμπτη αίθουσα βρίσκεται η βιβλιοθήκη του Μουσείου, η οποία περιλαμβάνει εκδόσεις από τον 16^ο αιώνα ως τις μέρες μας.
VI : Στην έκτη μικρή αίθουσα που οδηγεί στο κάτω επίπεδο, φιλοξενούνται όλα τα σύνεργα καλλωπισμού και γκραβούρες γύρω από την ένδυση της Μυκονιάτισσας των περασμένων αιώνων.
Ακόμη, υπάρχει η συλλογή λαϊκής αγγειοπλαστικής, ξυλόγλυπτων και φιγουρών Καραγκιόζη (λαϊκό θέατρο σκιών).

ΜΥΚΟΝΟΣ & ΘΑΛΑΣΣΑ

Η έβδομη αίθουσα είναι αφιερωμένη στη Μύκονο και στη θάλασσα.
Μια αίθουσα γεμάτη με παλιούς χάρτες, προπλάσματα, μινιατούρες από μπρίκια και τρεχαντήρια μαζί με όργανα μέτρησης της ναυτοσύνης όπως διόπτρες και βαρόμετρα, διαγράμματα και πορτολάνους, αλλά κι απομεινάρια πλοίων και ενθύμια, όπως και φωτογραφίες που αποτελούν σπουδαίο αρχειακό υλικό. Εκεί υπάρχει και το πηγάδι του θρυλικού πειρατή Μερμελέχα.
Ένα κομμάτι είναι αφιερωμένο στον Μυκονιάτη καπετάνιο Νικόλαο Σουρμελή, πλοίαρχο του πολεμικού ναυτικού. Στην αίθουσα φιλοξενείται αντίγραφο του ιστορικού ατμόπλοιου «‘ΈΝΩΣΙΣ» του Σουρμελή, με το οποίο πρόσφερε τις πολύτιμες υπηρεσίες του στον αγώνα απελευθέρωσης  της Κρήτης το 1867-68. 
Επίσης, ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει ένα ομοίωμα, σε φυσικό μέγεθος, ενός πλοίου των επαναστατικών χρόνων, πλήρως εξοπλισμένο με κανόνια κι άλλα αυθεντικά εξαρτήματα.
Τέλος, μια μπελλού, ένα τυπικό εμπορικό μυκονιάτικο σκαρί με χαρακτηριστικού σχήματος πανιά, ολοκληρώνει το ταξίδι στο παρελθόν της Ναυτικής ιστορίας της Μυκόνου.